Enrique José Varona y Pera nació el 13 de abril de 1849 en la ciudad de Puerto Príncipe, hoy Camagüey, en Cuba. Fue escritor, educador, humanista, poeta, filósofo, profesor y orador. Fue, además, y por sobre todo, un gran patriota y se le conoce como el forjador de la nacionalidad cubana. Varona fue el quinto de los hijos de don Agustín de Varona y Socarrás y de doña Dolores Pera y Beltrán de Varona. Sus padres procedían de las más ilustres familias camagüeyanas. Varona perdió a su padre cuando aún era muy joven, pero su recuerdo lo llevó siempre consigo por creerlo un hombre inteligente que hizo mucho por darle las bases de una sólida cultura clásica. La vida íntima de Varona es poco conocida. Se sabe que contrajo matrimonio con Tomasa del Castillo cuando contaba con dieciséis años de edad, y a causa de ello interrumpió sus estudios de bachillerato, ya próximos a terminar. Varona dedicó sus años de vida no solo a un intenso y fecundo trabajo intelectual que lo convirtió en figura clave del pensamiento y de las letras hispanoamericanas, sino también a una desinteresada labor patriótica por la independencia de Cuba.
Desde temprana edad, Varona nutrió su mente con la lectura de clásicos de la literatura. A los 11 años comenzó el aprendizaje de idiomas, y con el tiempo llegó a dominar el latín, el griego, el inglés, el italiano, el francés y el alemán. De familia relativamente acomodada, Varona se educó en el colegio San Francisco, de su ciudad natal, que estaba bajo la dirección de los Padres Escolapios. Allí recibió clases de griego y latín. Sin embargo, es de hacer notar que a pesar de haber recibido en ese colegio la formación básica de su cultura, en lo que atañe a las directrices de su pensamiento ya maduro, Varona se situó muy lejos de sus maestros iniciales. En la obra del antiguo alumno de los Escolapios se destaca su impugnación al dogmatismo, la intolerancia y el fanatismo religioso. A los diecisiete años escribió dos odas elegíacas dedicadas a la memoria del insigne patriota cubano Gaspar Betancourt Cisneros. Además, es de muy temprana edad su colección antológica Ramillete poético, que contiene 216 sonetos clásicos. Varona se graduó en 1893 de Doctor en Filosofía y Letras en la Universidad de La Habana. Realizó y sostuvo una tesis titulada La moral positivista y la moral evolucionista, que comprende dos aspectos de sus preferencias filosóficas: el positivismo y la teoría de la evolución, según Darwin.

En 1868, año del comienzo de la Guerra de Independencia, Varona publicó tres obras. La primera fue una colección de versos que tituló Odas anacreónticas, a la que siguió un estudio sobre Horacio. La tercera fue una edición crítica de obras dramáticas de autores españoles desde Lope de Vega hasta Cañizares, ordenadas con breves notas históricas, mitológicas, bibliográficas y filosóficas. Varona tituló esta obra Tesoro del teatro antiguo español. Por esta fecha Varona también colaboraba con El Fanal, el único periódico provincial de esa época.
El joven Varona, amante de los libros, sintió el llamado de la patria que iniciaba una guerra de liberación, la llamada Guerra de los Diez Años (1868 – 1878). Varona, hombre de genuina preocupación intelectual, no pudo sustraerse a las vicisitudes políticas de su patria. Por esta razón, estuvo presente al llamado de los patriotas camagüeyanos encabezados por Salvador Cisneros Betancourt y Marqués de Santa Lucía, que se alzaron en armas en contra del poder colonial de España en la finca Las Clavellinas el 4 de noviembre de 1868. Pero la dureza del campo de batalla no era terreno propicio ni para el carácter ni para la salud del joven estudioso. Su constitución física no lo ayudaba para las tareas militares, por cuya razón su presencia no era de mucha utilidad. Varona pensó, entonces, en la posibilidad de lograr por otras vías lo que se proponía la lucha armada. Por dicha razón, regresó a su ciudad natal.
Fue después del regreso de los Guerra de los Diez Años, cuando, mostrando un rebuscamiento que quizá emanaba de lucha entre lo que decía y el genuino sentir que iba a mostrar en el resto de su vida, escribió una alegoría dramática, La hija pródiga, y una Oda a España, en donde tiene expresiones de lealtad a la metrópoli española. En esas obras Varona mostraba no solo su alejamiento del movimiento separatista cubano, sino su adhesión circunstancial al movimiento español. Sin embargo, se dice que el patriota Varona nunca se perdonó esas publicaciones.

Cuando Varona regresó a Camagüey en 1870, retornó a su labor intelectual y patriótica con renovados bríos. Varona se sumergió en su biblioteca, volvió a sus libros amados y dio comienzo a la etapa de su autoformación cultural. Se puso al tanto de las corrientes de pensamiento que se debatían en el mundo, amplió la base de sus conocimientos de idiomas hasta poder manejar con facilidad el inglés, el italiano, el francés y el alemán, que conjuntamente con el griego y el latín le permitieron estudiar las obras maestras del pensamiento y la literatura universal en su idioma original.

Varona se afilió a la corriente autonomista y realizó una activa labor de denuncia contra los excesos políticos de la metrópoli hasta que se convenció de que sólo el separatismo podría representar una superación efectiva de las deplorables condiciones en que se encontraba su país. Varona realizó en Cuba, en el período que precedió a la guerra de 1895, una genuina labor patriótica y de elevación espiritual y cultural. Valientemente denunció los males de la colonia y alentó al pueblo a que se levantara ante la inercia y el afán de reposo en que naufragaban las aspiraciones de la libertad.
En 1878, Varona se trasladó a La Habana. Casado, con hijos, y la mayor parte de su fortuna desaparecida, daba comienzo a una nueva vida. En la capital cubana se le conocía por las obras y artículos publicados durante los años de 1870 a 1878, en los cuales había escrito su primera obra de crítica literaria que tituló Estudios Literarios. Además, escribió varios artículos y estudios bajos los títulos de: Reformas en la enseñanza, La sociología de Bain, La lógica de Balmes, La sociología en sus relaciones con la fisiología y La evolución sociológica.

Estando en La Habana, Varona trabajó como periodista y maestro. Colaboró con la Revista de Cuba, que bajo su dirección se convirtió en la Revista Cubana. Varona dirigió esta revista desde 1885 hasta 1895, año en que emigró a los Estados Unidos.
Varona se trasladó a Nueva York a poco de iniciarse en Cuba la Revolución de Yara. La revista El Fígaro, los periódicos El Triunfo y su continuador El Trunco, La Habana Elegante, El Cubano, y el seminario liberal autonomista La Lucha recogieron la intensa labor que desplegó Varona durante su estancia en Nueva York.

Esta conducta patriótico-cultural llevaría a Varona a merecer, ante la muerte del apóstol de la libertad, la distinción de ser el sustituto de José Martí en la dirección del periódico Patria. Patria era un periódico editado en el exilio, en la ciudad de Nueva York, por el Partido Revolucionario Cubano. Varona redactaba los editoriales del periódico Patria estando atento a la marcha de la guerra que se desarrollaba en la Cuba. Además, estando en los Estados Unidos, pronunciaba discursos en todas las ciudades donde existían núcleos de emigrados revolucionarios.
En 1890, Varona comenzó la publicación de sus Conferencias filosóficas, que tratan de psicología, sociología y filosofía moral. De esta década son sus célebres trabajos La metafísica en la Universidad de la Habana y El clericalismo en la Universidad de la Habana, entre otros, donde acentuó sus criterios positivistas como arma de combate contra las direcciones del pensamiento de España y a favor de los ideales cubanos.

Por la necesidad de servir a su patria, Varona escribió sobre temas económicos, políticos y sociales. Los títulos eran significativos: Los cubanos en Cuba, El bandolerismo, reacción necesaria y El poeta anónimo de Polonia. La mayoría de esos trabajos quedaron recogidos en el libro Artículos y discursos, publicado en 1891.

En el año 1895 estalló la revolución orientada y alentada por José Martí, quien murió ese mismo año. Varona fue llamado a sustituirlo y se le pidió que diera continuidad a su obra. De esa época son sus discursos sobre Martí, su obra política, La política cubana de los Estados Unidos, el manifiesto Cuba contra España, y el magistral estudio El fracaso colonial de España, dividido en dos partes: período colonial y período revolucionario. La mayoría de estos trabajos quedaron publicados en un libro que Varona tituló De la colonia a la república. Terminada la guerra hispano-cubano-americana, y producida la intervención militar americana, el general Wood nombró a Varona Secretario de Instrucción Pública y de Hacienda, y le encomendó la reforma de la enseñanza cubana, secundaria y universitaria.

Para 1898, Varona se entregó por completo a ejercer la cátedra de la psicología, filosofía moral y sociología en la Universidad de la Habana. Armado con las ideas del positivismo filosófico, Varona reformó la enseñanza media y superior cubanas poniendo en práctica sus criterios pedagógicos básicos. La actividad de la cátedra la compartía con su quehacer favorito, la crítica literaria. En 1905 dio a la publicidad su Curso de sociología y dos años más tarde Desde mi belvedere, donde agrupó sus variados trabajos literarios escritos antes de esa fecha.

Varona se retiró de su cátedra universitaria en el 1917. En 1918 publicó Con el eslabón, uno de sus libros más interesantes por el escepticismo que muestra el autor sobre las cosas que le preocupan en la vida. En 1921 publicó Poemitas en prosa. Luego de esta fecha, ya no hubo mayores publicaciones de su parte, salvo cartas, entrevistas y artículos periodísticos.

La obra del pensador cubano, con excepción de sus Conferencias filosóficas, es mayormente ensayística. Varona no cultivó la novela, el drama ni el cuento. Principalmente, se valió del ensayo porque era el más adecuado para tratar la variedad de problemas sociológicos, políticos, y educacionales de la realidad hispanoamericana.
Se considera que la obra más importante de Varona en el campo filosófico fue Conferencias filosóficas. Esta obra es vista como una gran contribución del pensador cubano a la cultura española por haber sido la primera de este tipo publicada en el mundo de habla hispana. Entre otras cosas, la obra muestra las ideas de Varona sobre lógica, moral y sociología. Enrique José Varona murió en La Habana el 19 de noviembre de 1933, a los ochenta y cuatro años de edad.