Un fraile de la orden de San Francisco nombrado Sebastián de la Cruz, dedicado a atender y curar enfermos, fundó un hospital en el antiguo barrio de Ciénaga, aproximadamente por el año de 1570, según lo expresado por José María de la Torre. Le puso como nombre Felipe y Santiago. En 1603 le fue cambiado este por el de Hospital de San Juan de Dios y era atendido por los hermanos de dicha congregación. Llegado el 1648 su iglesia alcanzó la categoría de auxiliar de parroquia. A partir de este momento a la zona y a la calle se le comenzó a llamar igual que al hospital que se mantuvo en el sitio hasta 1879.
La calle homónima era muy pequeña, de una sola cuadra, por eso le decían el Callejón de San Juan de Dios, interceptada en sus extremos por la de Habana y Compostela, justo al fondo del hospital. Al ser demolido el convento de Santa Catalina de Siena en 1924, se unió con la antigua calle conocida como la de Bomba, conformando una sola.
En un primer momento, ya unificada, se nombró Julio de Cárdenas, quien fue alcalde habanero y vivió en la zona. Por un acuerdo del Ayuntamiento capitalino le fue restituido el nombre de San Juan de Dios.
